En 2020, l’approche par SCOUT-MRM des chercheurs du groupe ANABIO-MS de l’Institut des Sciences Analytiques (ISA, CNRS/UCBL Université Lyon1) est mise en œuvre pour réaliser, en collaboration avec le Laboratoire d’écotoxicologie d’INRAE et le Laboratoire innovations technologiques pour la détection et le diagnostic (LI2D, CEA) le plus large test multiplexé et validé de biomarqueurs proétomiques chez le crustacé d’eau douce Gammarus fossarum. Les résultats obtenus ouvrent de nouvelles perspectives en écotoxicologie proétéomique pour la surveillance des milieux aquatiques.

Le Gammarus fossarum est un crustacé d’eau douce considéré comme un bon indicateur de la qualité des eaux par l’étude de l’impact des contaminants sur leur organisme. De nouvelles méthodes sont essentielles pour permettre l’identification et la quantification de peptides protéotypiques, spécifiques de protéines d’intérêt utilisées comme biomarqueurs par les écotoxicologues.

Le groupe ANABIO-MS a développé une méthode par spectrométrie de masse (LC-MS/MS) combiné à un mode d’acquisition innovant : SCOUT-MRM lequel permet de réaliser une analyse en multiplexage en s’affranchissant des temps de rétention. Dans le cadre de cette recherche collaborative, la quantification à haut débit d’un vaste panel de protéines a été effectuée : 157 protéines via 277 peptides et 831 transitions MRM ; soit le plus large test multiplexé et validé de biomarqueurs proétomiques réalisé à ce jour en écotoxicologie.

La méthode, appliquée sur des gammares prélevés dans plusieurs sites réputés potentiellement pollués ou exempts de pollution aux pesticides dans la région du Jura en France, a abouti à la discrimination de sites contaminés via le suivi d’un large panel de peptides rapporteurs de l’exposition des gammares.

Cette approche innovante SCOUT-MRM élargit le nombre de potentiels biomarqueurs d’exposition chez Gammarus fossarum et ouvre de nouvelles perspectives en écotoxicologie.

 

Graphical abstract

 

Référence : Faugère J, Gouveia D, Ayciriex S., Chaumot A., Almunia C., François A ., Armengaud J., Lemoine J., Geffard O., Degli-Esposti D., Salvador A. High-multiplexed monitoring of protein biomarkers in the sentinel Gammarus fossarum by targeted scout-MRM assay, a new vision for ecotoxicoproteomics. Journal of Proteomics, 2020, 226.103901. DOI:10.1016/j.jprot.2020.103901

 

Contact : arnaud.salvador{@}isa-lyon.fr – En savoir plus sur le groupe ANABIO-MS

 

A lire également :

  • Salvador A, Carrière R, Ayciriex S, Margoum C, Leblanc Y., Lemoine J. Scout-multiple reaction monitoring: A liquid chromatography tandem mass spectrometry approach for multi-residue pesticide analysis without time scheduling. Journal of Chromatography A, 2020, 1621, 461046. DOI 10.1016/j.chroma.2020.461046
  • Ayciriex S, Carrière R, Bardet C, Blanc JCYL, Salvador A, Fortin T, Lemoine J. Streamlined Development of Targeted Mass Spectrometry-Based Method Combining Scout-MRM and a Web-Based Tool Indexed with Scout Peptides. Proteomics, 2020, 20(2):e1900254. DOI 10.1002/pmic.201900254
  • Rougemont B, Bontemps Gallo S, Ayciriex S, Carrière R, Hondermarck H, Lacroix JM, Le Blanc JC, Lemoine J. Scout-MRM: Multiplexed Targeted Mass Spectrometry-Based Assay without Retention Time Scheduling Exemplified by Dickeya dadantii Proteomic Analysis during Plant Infection. Analytical Chemistry, 2017, 89(3):1421-1426. doi: 10.1021/acs.analchem.6b03201.